Obecność szkodników jest bardzo dużym zagrożeniem dla przechowywanego ziarna. W zmagazynowanym ziarnie najczęściej występują: roztocze, owady, gryzonie, ptaki oraz mikroorganizmy, takie jak grzyby i bakterie.
Wołek zbożowy - jest to chrząszcz o wielkości od 2 do 5 mm. Ma charakterystyczny wygląd. Jest pokryty rzadkimi, żółtymi włoskami a kolor zmienny w zależności od wieku.
Chrząszcze żerują w ziarnach zboża. Szkodnik ten nie lubi światła i chowa się w głębsze warstwy zmagazynowanego ziarna. Szkody wyrządzają nie tylko chrząszcze, ale również larwy.
Zainfekowane zboże przez szkodnika traci swoją wartość.
Trojszyk ulec – owad z rodziny chrząszczy wielkości 4 mm. o płaskim ciemnobrązowym, połyskującym ciele, głowie półkolistej wciągniętej w tułów z czułkami. Pochodzi z Ameryki Północnej. Samica trojszyka składa do 450 jaj. Trojszyk ulec nie jest tylko groźny dla przechowywanego zboża lecz może zniszczyć styropianowe ocieplenie magazynu, szkodnik rozwija się tylko w pomieszczeniach zamkniętych.
Myszy i szczury – Do szkodników w magazynach zalicza się myszy i szczury, które nie tylko zjadają ziarno ale przenoszą choroby i zanieczyszczają odchodami i sierścią magazyny. Są trudne do wytępienia. Żerując w magazynach potrafią zniszczyć znaczne ilości towaru. Potrafią zniszczyć konstrukcje drewniane, stalowe i betonowe.
Ptaki - (np. gołąb) mają utrudnione dostanie się do wnętrza magazynu, są łatwo wykrywane i usuwane z pomieszczeń. Rozdziobują i rozdeptują ziarna, zanieczyszczają je odchodami, i uszkadzają opakowania. Mogą także przenosić choroby zakaźne, owady i pasożyty.